Сегодня меня это, наконец, достало и я решил разобраться в чем дело.
Плазмоид активности диска изобразил эту картину так:
Верхний пик - переключение рабочего стола. Остальное - шум.
За деталями полез в iotop:
Единственные два процесса, которые вызывали эту активность, оказались:
BrowserBlocking
Chrome_CacheThr
Что явно указывает на виновника. Гугление показало, что проблема присутствует, с 2010 года и на всех OS - как linux, так mac и windows. Issue 52663: frequent small disk I/O. Проблема стоит как "подтвержденная".
Если на HDD это просто дико раздражает, то домашний ноутбук с SSD это просто медленно убивает. С сегодняшнего дня перехожу на Firefox, чего и вам советую.