Из хорошего - ридеры, по большей части, стандартизированы, поэтому с драйверами проблем нет. Исключение - rutoken S, который сделан своими костылями поверх USB, но даже он как-то умудряется работать.
На этом хорошее заканчивается. Нативная подсистема opensc плохо выживает с ГОСТом, поэтому нужно ставить Crypto Pro. Криптопро, в теории, работает под linux. На практике же ему нужно LSB3 - gentoo и прочие идут лесом. Нет никакой человеческой документации и простых гуевых утилит. Только тонны манов, только хардкор. О том, что оно вообще работоспособно - сведения весьма противоречивые.
Чтобы убедиться в работоспособности подсистемы, нужны нативные утилиты от вендора. У ruToken есть только виндовая. У eToken есть PKI Client для линукс. Проблема в том, что у меня в наличии только поддерживаемые вендором ruToken.
В общем, в теории, вся эта система должна взлететь на линукс. На практике я не видел ни одного отчета подтверждающего опыт линукс + криптография + госуслуги какие-нибудь. Может, кто-то знает больше?