Пришлось заводить родной JLink. Как выяснилось - ничего сложного:
JLinkExe -device LPC1837 -CommanderScript cmd.jlink
где собственно сам скрипт:
si 1
speed 4000
r
h
loadbin output/rexusb.bin,0x1a000000
r
q
Конфигурирует SWD, прошивает, перегружает и выходит. Ровно также вызывается из Makefile, никаких дополнительных телодвижений не требуется. В windows нужно будет лишь заменить JLinkExe на JLink.exe.
В целом очередное подтверждение того, что кросс-средства эмбеддед разработки вполне себе сложились.